הסיבוכים של מחלת הארכנואידיטיס מורכבים ומסובכים. חלקם קשורים באופן ישיר לפתו-פזיולוגיה של המחלה והפגיעה הישירה בקרום הארכנואיד וחלקם קשורים לתסמיני המחלה (כמו ירידה בתנועה ובניידות), למהלכה ולטיפול בה.

הסיבוכים המוכרים של מחלת הארכנואידיטיס, נפוצים בעיקר במטופלים שעברו מיאלוגרפיה או הזרקה של חומרים לתעלת עמוד השדרה. הם נוטים להתמקד יותר בעמוד שדרה חזי, מאשר עמוד שדרה מותני או צווארי.